En el mundo fantástico, el protagonista es un joven guerrero llamado Atreyu, a quien la Emperatriz Infantil, soberana de Fantasia, pide iniciar una búsqueda para hallar una cura a la enfermedad que padece y que la está matando lentamente. El otro protagonista es un niño del mundo real, Bastián Baltasar Bux (Barret Oliver), huérfano de madre y solitario, quien lee la novela que narra la historia de Fantasia, y para quien la historia se vuelve cada vez más real.