En un Japón futurista, Mira Killian, es la líder de grupo operativo de élite, Sección 9, cuyo objetivo es luchar contra el ciber-terrorismo y los crímenes tecnológicos. Al mando de esta unidad de operaciones encubiertas está Aramaki y destaca Batou, un ex-militar considerado como uno de los agentes más salvajes del grupo.