En 2089, los arqueólogos Elizabeth Shaw (Noomi Rapace) y Charlie Holloway (Logan Marshall-Green) descubren un mismo mapa estelar en escrituras de varias antiguas culturas sin contacto entre ellas. Eso se interpreta como una invitación de los precursores o diseñadores de la humanidad, sus «Ingenieros», a visitar un sistema planetario que aparece en el mapa. Peter Weyland (Guy Pearce), el anciano fundador y dueño de la Corporación Weyland, reúne fondos para la creación y lanzamiento de la nave científica Prometheus y viajar hasta la luna distante LV-223, la única habitable en el sistema planetario del mapa.